В СУФД стала появляться ошибка при импорте файла из 1С.

В справочнике информация Л/С найдено больше одной записи для ЛС СУФД

Ошибка критическая (красная) соответственно документ сохранить, подписать отправить не получится.

В ручную тоже создавать документ нет смысла. Дело в том что в СУФД по Вашей организации задвоился справочник.

Первым делом проверим так же это на самом деле? Задвоились ли справочники.

Ищем "себя" в справочнике по своему Л/С, как видим да, действительно, в справочнике две актуальные записи по организации. А должна быть одна.
Что делать дальше? На своем уровне к сожалению Вы ни чего не можете сделать. Первым делом звоните в ТОФК (свое казначейство), говорите что при импорте файла выходит такая ошибка (можете кинуть им скриншот на электронку, что бы они сами поняли в чем дело). Дальше сотрудник ТОФК может сделать выгрузку справочника по вашей организации (с вашим ЛС) - по крайней мере так делаю я.

Технически сотрудник ТОФК заходит в справочник АСФК (Книга регистрации ЛС) - находит Ваш ЛС, выделяет все найденные строки, где упоминается Ваш ЛС нажимает Выполнить и выбирает

 Как в вашем регионе или городе обстоят дела с этим я не ручаюсь говорить. И где то через пол часа зайдя снова в справочник Вы уже увидите одну актуальную запись. И можете смело пробывать импортировать файлик.